Parte dessas investigações está sob a responsabilidade da Diretoria de Combate ao Crime Organizado e à Corrupção (Dicor), na sede da PF, enquanto outros inquéritos tramitam nas superintendências estaduais, onde as emendas foram aplicadas.
Em Brasília, um dos principais focos da apuração envolve o pagamento de R$ 4,2 bilhões em emendas parlamentares pela Câmara dos Deputados e uma suposta manobra do então presidente da Casa, Arthur Lira (PP-AL). A investigação foi aberta após determinação do ministro do Supremo Tribunal Federal (STF) Flávio Dino, que suspendeu os repasses e ordenou a instauração do inquérito em dezembro do ano passado. No decorrer do processo, parlamentares foram convocados para prestar depoimento, entre eles o deputado Glauber Braga (Psol-RJ).
Outra frente das investigações envolve a suspeita de um esquema de "comercialização" de emendas no Maranhão, onde ao menos R$ 7 milhões teriam sido negociados irregularmente por três políticos do PL. Com base nesse inquérito, a Procuradoria-Geral da República (PGR) denunciou os envolvidos, e o STF formou maioria no último sábado (8) para transformá-los em réus. As provas obtidas nesse caso levaram à abertura de outra apuração no Tocantins, onde um senador é investigado por possível desvio de verbas destinadas a emendas parlamentares.
Apesar do avanço das investigações, um integrante da cúpula da PF afirmou à reportagem que o objetivo das apurações não é "criminalizar as emendas", mas garantir que os recursos públicos sejam utilizados corretamente.
A polêmica sobre a liberação das emendas começou em dezembro de 2022, quando o STF declarou inconstitucionais as chamadas emendas RP8 e RP9. Diante da decisão, o Congresso Nacional aprovou uma resolução alterando as regras de distribuição de recursos por meio das emendas de relator, para se adequar ao entendimento da Corte.
Em fevereiro, o ministro Flávio Dino homologou o plano de trabalho elaborado pelo Congresso, no qual parlamentares se comprometeram a identificar os deputados e senadores responsáveis pelas emendas e os destinatários dos repasses. A decisão também resultou na liberação dos pagamentos de emendas suspensas nos últimos anos, incluindo as deste ano.