Interlocutores e próprios ministros do Supremo Tribunal Federal (STF) manifestaram duras críticas à conduta de André Mendonça, classificando suas atitudes em episódios recentes como graves, irresponsáveis, politizadas e até comparáveis às de golpistas. A crise interna na Corte escalou significativamente em setembro de 2026, motivada pela atuação de Mendonça nos inquéritos envolvendo as fraudes do INSS e o Banco Master.

O decano do tribunal, Gilmar Mendes, disparou críticas pesadas a Mendonça, acusando-o de usar levantamentos de sigilo para obter ganhos políticos e agindo como um "boneco de campanha". Em sessões plenárias tensas, Gilmar chamou a postura do colega de "leviandade" e "desfaçatez", apontando que ele estaria investido de um "sentimento policialesco".

Interlocutores da Corte afirmaram que Mendonça "atropelou o rito" processual ao mandar a Polícia Federal investigar o ministro Alexandre de Moraes sem a prévia autorização do plenário ou o aval inicial da PGR. Ministros avaliaram que ele "riscou um fósforo em um tanque de combustível", gerando uma crise institucional com consequências imprevisíveis às vésperas de eleições.
     
Nos bastidores do STF, a conduta de Mendonça ao abrir fogo contra os próprios pares foi comparada à daqueles que atentaram contra o Estado Democrático de Direito, com a agravante de a crise ter sido provocada por um integrante de dentro da própria Corte. 

O ministro Alexandre de Moraes acionou formalmente o presidente do STF, Edson Fachin, pedindo que Mendonça seja investigado por abuso de autoridade, improbidade administrativa e crimes de responsabilidade (que poderiam motivar um processo de impeachment). Moraes afirma que Mendonça distorceu relatórios de inteligência da PF e agiu sob forte motivação política para favorecer grupos específicos.

Avaliações internas indicam que Mendonça encontra-se isolado no plenário. Ele conta apenas com o apoio irrestrito do ministro Luiz Fux. 

André Mendonça rebateu as acusações formalmente e em suas redes sociais. Ele declarou que não tem nada a temer e que as investigações que conduz são legítimas e transparentes. Mendonça acusou Moraes de tentar blindar a si mesmo, alegando que o inquérito movido contra ele é fraudulento e que as supostas irregularidades apontadas por Moraes são, na verdade, práticas comuns no próprio "Inquérito das Fake News" conduzido pelo rival.